Tvrz v Malíkovicích vznikla pravděpodobně ve 14. století a byla sídlem místních šlechticů. První známý majitel byl Ctibor z Malíkovic, údajně majitel tvrze v roce 1349. Některé prameny tradují, že byla kolébkou rodu Přibyslava z Malíkovic, a připisují jí stalejší původ. Ve své první etapě tak patřila mezi obvyklé středověké pevnosti nižší šlechty, které sloužily jako obranné i reprezentativní sídla.

Během 15. a 16. století prošla tvrz řadou příslušníků rodu Malíkovských. Roku 1418 se po slučování několika statků stala sídlem Buška z Malíkovic, který se stal majitelem celé obce. Jeho syn Jindřích jí po něm ovládal, později ji získali Malíkovští z Bysně. Zásadní změnu přinesli nižší šlechtici se širšími majetky – v roce 1508 se Malíkovice dostaly pod kontrolu Děpolda z Lobkovic, posteriormente pak přešly Gothardovi Floriánovi Žďárskému, který zde provedl renesanční přestavbu. Ta otevřela novou tvář stavbě a dodala jí vzhled charakteristický pro přelom 16. a 17. století. Roku 1599 koupi vesnici sestry Eliška a Marie Valdštejnky z Martinic, poručnice nezletilého Jaroslava Bořity, a připojily ji k panství Smečno. Tím skončila tvrz v roli panského sídla.

Od připojení k Smečnu se monument proměnil v hospodářský dvůr, což byl běžný osud mnoha středověkých tvrží, které přicházely o svůj vojenský a reprezentativní smysl. Z původní stavby se dochovaly fragmenty renesanční úpravy – zejména renesanční portály u obytných budov hospodářského dvora v areálu, které představují nejcennější součást z hlediska stylu a řemesla. Samotný dům má vzhled charakteristický pro pozdní renesanci a rané období pobělohorské – dvoukřídlová stavba s hladkými fasádami krytá sedlovou střechou. Stavební látkou jsou cihla a kámen, interiér podléhá ochraně, byly označeny a chráněny především zárubně vstupních dveří a okna komor jako architektonicky cenné prvky.

V 20. století se osud tvrze vázal k dějinám vesnice. Během socialistického období sloužila budova hospodářského dvora neuobvyklým způsobem – jako šrotovna pro JZD Rozvoj, do kterého byla začleněna roku 1945. Po pádu komunismu, po roce 1989, byla restituována a vrácena do soukromého vlastnictví. Tvrz byla chráněna jako kulturní památka od 31. prosince 1967 a dodnes si uchovává své historické pozůstatky jako tiché svědectví o třech stoletích vývoje postavy české šlechty a hospodářství. Přestavěné hospodářské budovy mají dnes menší памятковый význam, avšak samotný původní dům s renesančními detaily zůstává dokladem kvalitního stavitelství a historických změn, kterými česká vesnice procházela.