Johanitská komenda je nejstarším českým konventem řádu maltézských rytířů a zároveň sídlem jeho velkopřevorství. Nachází se při kostele Panny Marie pod řetězem na Malé Straně v Praze.

Komenda byla založena mezi lety 1158 a 1169 českým králem Vladislavem I., který věnoval pozemky pro její vznik. Iniciátoři stavby byli vyšehradští proboštové – kancléř Gervasia a jeho vnuk Martin –, kteří financovali stavbu kostela. Areál zaujímal rozsáhlé území mezi Čertovkou na východě, Velkopřevorským náměstím na jihu, středem Prokopské ulice na západě a parcelou Kounického paláce se ulicí Saskou na severu. Celý komplex měl charakter pevnosti – románského hradu obehnaného valem a hradbami s věžemi. Spolu s protějším biskupským dvorem střežil přístup k Juditinu mostu. Přízvisko kostela „pod řetězem" připomíná řetěz, kterým byl uzavírán přístup na most či do johanitského areálu.

V první etapě vývoje komendy vznikly základní stavby. Již před rokem 1182 byla vybudována trojlodní románská bazilika Panny Marie s transeptem, špitál a konvent. Postupně se areál rozmnožoval o farní školu, lázeň, hospodářské budovy s pivovarem, domy poddaných, zahradu a kostel sv. Prokopa. Komplex tak postupně nabýval podobu fungující instituce.

V první polovině 14. století byla započata stavba nového velkolepého gotického kostela. Stavba postupovala velmi pomalu a byla jen částečně dokončena – zůstal pouze presbytář. Roku 1378 bylo v tomto presbytáři vystaveno tělo zemřelého císaře Karla IV., což svědčí o důležitosti místa.

Dnešní podoba komendy odráží její historické vrstvy. Centrální stavbou je kostel Panny Marie pod řetězem, který vznikl renesanční přestavbou gotického presbytáře. Nádvoří se rozprostírá na místě lodi románské baziliky – jejíž pozůstatky jsou viditelné na jižní zdi nádvoří. Nádvoří uzavírá dvojice monumentálních nedokončených gotických věží s portikem, později doplněných prvky z renesance a 19. století. Na rohu Velkopřevorského náměstí stojí Velkopřevorský palác, postavený na půdorysu původního konventu, jehož románské zdivo se v paláci značně zachovalo. Na opačné straně kostela se nachází barokní novostavba převorství, konventu a alumnátu. K budovám přiléhají zahrady na východní straně.

V okolí se dochází pozůstatky původně rozsáhlejšího areálu. Patří k nim sousoší Jana Křtitele na Maltézském náměstí, románská okna v nádvoří domu V Lázních na Lázeňské ulici či pozůstatek románského maltézského kostela sv. Prokopa ve sklepě zrušeného barokního kostela na Prokopské ulici. Tyto fragmenty vypovídají o bohatosti a rozsahu středověké komendy.