František Josef Thomayer (3. března 1856 Trhanov – 18. února 1938 Říčany) byl český zahradní architekt a bratr lékaře Josefa Thomayera.

Jednalo se o jednoho z největších odborníků své doby v oboru zahradní architektury, který koncem 19. století působil jakožto ředitel pražských parků a zahrad i školky v Říčanech u Prahy. Kromě Prahy velmi často působil i v dalších městech na území Českých zemí – Nymburk, Mariánské Lázně, Chrudim, Přerov a další. Pracoval i na úpravách některých zámeckých parků a soukromých zahrad.