Katakomby se rozkládají pod kostelem Neposkvrněného početí Panny Marie a svatého Ignáce v Klatovech. Stavěny byly jako součást stavby samého kostela v letech 1656 až 1676 a měly sloužit jako pohřební prostor pro příslušníky jezuitského řádu a jejich dobrodince z místní šlechty, vojska a měšťanstva. V období let 1676 až 1783 bylo do krypt uloženo více než dvě stě zemřelých. Poslední pohřeb se zde konal v roce 1783, kdy zde spočinul Antonín Weichs. O rok později, v roce 1784, panovník Josef II. zakázal všechna pohřbívání v kryptách.

Mezi pohřbenými osobami nejznámější je Pater Adalbert Chanovský z Dlouhé Vsi, misionář, který ve druhé polovině 17. století působil v jihozápadních Čechách. Jednotlivá těla byla ukládána na dřevěné hoblin do dubových rakvíí a následně obložena chmelem. Každou rakev opatřili dělníci olověnou identifikační destičkou, která umožnila jejich později snadnější identifikaci.

To, co dnes vidíme, je výsledkem důmyslného větrání, kterého si jezuité všimli při stavbě. Větrací kanály vedly skrz pilíře kostela až pod střešní římsou a umožnily vzduchu postupně pronikat do hloubky. Tímto způsobem došlo k postupné mumifikaci těl – jejich postupnému vysušení. Právě díky relativně stálé teplotě a vlhkosti vzduchu v kryptách se zachovávala těla po dlouhá léta téměř nedotčená. Mumifikované pozůstatky dnes váží pouhých osm až deset kilogramů.

V třicátých letech dvacátého století však došlo k zásadní změně. Během opravy střechy kostela zasypali stavební dělníci větrací šachty a kanály stavebním odpadem. Tím se zcela změnilo prostředí v kryptách a převážná část mumií se v důsledku změně klimatu rozpadla. V roce 1937 byla celkem sto čtyřicet zničených mumií vyjmuta a pohřbena do hromadného hrobu na hřbitově svatého Jakuba v Klatovech. Pamětní kámen s textem tam připomíná tuto tragickou ztrátu.

Dnes je hlavní částí katakomb přístupno třicet mumifikovaných těl. Dalších sedm pozůstatků je uloženo v partích krypt, které nejsou pro veřejnost přístupné. Péče o ně vyžaduje bedlivou konzervaci a řízení klimatických podmínek – o teplotu a vlhkost se nyní stará odborný klimatolog. Původní vstup do katakomb vedl z chrámové lodi, další pak z bývalé latinské školy, která dnes tvoří součást komplexu divadla.

Katakomby se postupně staly jednou z nejvýznamnějších pamětihodností Klatov. Roku 2016 je navštívilo více než čtyřicet sedm tisíc návštěvníků. Nejsou pouhým chladným muzeem – připomínají osudy lidí, jejichž životy a činy se podílely na formování podoby města, kterou vidíme dodnes. K těmto stavbám patří kostel, kolej, seminář a gymnázium, které všechny vybudovali jezuité a výrazně tak proměnili jihozápadní část Klatov.