Kostel svaté Maří Magdalény se nachází v nadmořské výšce 890 metrů na severovýchodním svahu hory Větrný v Želnavské hornatině. Díky své poloze tvoří zdálky viditelnou dominantu krajiny – zvedá se o více než sto metrů nad údolím Blanice u Zbytin. Svou barokní architekturou a umístěním se stal jedním z charakteristických prvků této horské oblasti.

Historie místa sahá hluboko do středověku. Do počátku čtrnáctého století tudy procházela původní trasa prachatické větve obchodní Zlaté stezky, a u zdejšího pramene patrně bývalo odpočinkové místo pro cestující. Roku 1395 se v pramenech poprvé zmiňuje poustevna s kapličkou. Během husitských válek však byla kaple pobořena. V šestnáctém století se o ní mluví znovu v souvislosti se třemi selskými dvory zbudovanými u sklářské huti. V sedmnáctém století se kaple stala poutním místem – rozšiřovala se pověst o zázračné moci místního pramene a Several poutníků se zde údajně zázračně uzdravilo. V roce 1648 sem pověřil Johann Otto, tehdejší Eggenberský dvořan malíř, prostřední oltářní obraz svaté Maří Magdalény za šedesát zlatých. V roce 1716 věnovali volarští lidé se svolením Marie Ernestiny z Eggenbergu nový oltář s obrazem svaté Maří Magdalény s křížem.

Na počátku osmnáctého století kaple popadala do chátrání. V roce 1739 byla její stav popsán jako neutěšený. Iniciativu k vystavění nového kostela převzal Josef I. Adam ze Schwarzenbergu. Vlastní stavba probíhala v letech 1752 až 1754 podle plánů architekta Antona Erharda Martinelliho. Staveniství provedl František Jakub Fortin. Kostel byl vysvěcen dvaadvacátého července 1754, tedy sedm let poté, co zemřel autor návrhu. Nový chrám vyrůstal v barokním slohu a připomínal tak důležitost tohoto poutního místa v regionu.

S kostelem je spojená zajímavá pověst. Podle tradice v místě nynějšího oltáře rostla stará lípa, která musela být při stavbě pokácena. Když dřevorubec pokácíjel strom, nalezl v jeho kmeni ukrytou sošku svaté Magdaleny. Sošku pak přenesli do nedalekých Zbytin, avšak podle pověsti se tajemně stále sama vracela zpět.

Od svého vzniku patřil kostel farnosti Volary. V roce 1891 vznikla farnost Zbytiny, a kostel se stal jejím filiálním chrámem – patří jí dosud. Druhá polovina dvacátého století přinesla těžké časy – po roce 1948 kostel chátral a hrozila dokonce jeho demolice. Záchranu přinesla až obnova v letech 1994 až 1995, kterou inicioval a zorganizoval spolky Adalberta Stiftera z Augsburgu a místní rodák Otto Lang, předseda spolku svaté Magdalény. Díky jejich snaze a sbírce mezi krajany byl poutní kostel zachráněn pro budoucnost. Dnes je chráněn jako kulturní památka České republiky.