Pověst: Karner svatého Michaela
Podle místní pověsti, kterou si staří obyvatelé Moravských Budějovic předávali u večerních ohňů i u kostelních lavic, není místo, na němž stojí karner svatého Michaela, posvátné teprve od dob křesťanů. Dávno předtím, než sem přišli první mniši s křížem a pergamenem, konal se právě v tomto rohu hradeb obřad, který pohané považovali za bránu mezi světem živých a říší stínů. Zapalovali zde ohne, přinášeli oběti a volali jména zemřelých, aby jim přáli mír. Země v tom místě byla po staletí nasycena smrtí a vzpomínkou.
Když na přelomu třináctého století vyrostl nedaleko kostel svatého Jiljí a trhová osada začala dostávat tvar křesťanského města, přišel prý do Budějovic starý kněz, jehož jméno pověst nezachovala. Byl to muž sešlý lety, se zády skloněnými jako vaz starého stromu, ale s očima, jež viděly více, než se na živého člověka sluší. Obešel celý hřbitov, zastavil se v jihovýchodním rohu u staré zdi a dlouho stál nehnutě, s rukama sepjatýma, tváří obrácen k obloze.
Té noci se mu prý zjevil sám archanděl Michael. Nestál v záři ani s planoucím mečem, jak ho malují na obrazech — byl tichý, říkají staré zkazky, tichý jako svítání nad řekou. Řekl knězi pouze tolik: „Na tomto místě leží příliš mnoho jmen, která nikdo nevyslovuje. Postav jim střechu, aby věděla, že na ně nezapomínáme."
A tak vznikl karner. Válcovitá věž z tesaného kamene, s kostnicí v suterénu klenutou do kříže — jako by sám tvar stavby připomínal, že smrt není konec, ale přechod. Dolní podlaží přijímalo kosti ze starších hrobů, jichž se hřbitov při svých nevelkých rozměrech nemohl dočkati jinak než přeplněním. Přinášeli je sem v noci, při loučích, a ukládali je s modlitbou. Traduje se, že o půlnoci, zvláště na svátek Dušiček, bylo z kostnice slyšet šelest — ne strašidelný, říkali místní, spíše jako zvuk listů, jež se obracejí v knize. Jako by si mrtvé kosti navzájem šeptaly příběhy, které nestihly vyprávět za živa.
Staří obyvatelé vyprávějí, že těžká léta třicetileté války karneru přinesla trhliny a poškozené zdivo, ale nikoli zánik. Vojáci procházeli krajem jako bouře a za sebou nechávali spálená stavení, ale rotunda prý stála, mírně poškozenou, jako by ji chránila neviditelná ruka. Když ji v letech 1676 a 1677 opravovali, nalezli prý zedníci v základech malý kříž z kůže a kostí, přesně tam, kde pověst umisťovala centrum starého pohanského obětiště. Přenesli ho tiše do kostnice a nikdo se neptal, odkud pochází.
Největší zázrak však přišel v roce 1726, kdy neznámý malíř vystoupal do kopule horní kaple a po měsících práce odkryl plátno nástropní fresky. Uprostřed výjevu Posledního soudu namaloval bílou holubici, troubící anděly a nad nimi archanděla Michaela — ve tváři vážného, ale ne přísného, s váhami v ruce a pohledem upřeným dolů, přímo na místo, kde ještě před nedávnem ležely hromady kostí. Říká se, že starý farář Ondřej Chudánek, který obnovu interiéru řídil, plakal, když fresku poprvé spatřil za denního světla. „Ten obličej jsem někde viděl," prý řekl svému kaplanovi. Více nevysvětlil.
Karner svatého Michaela je místem, kde se stýká pohanská hloubka s křesťanskou útěchou, kde kosti a modlitby sdílejí jeden kamenný plášť. Pověst o něm říká, že místa, kde se příliš mnoho zemřelo, nelze jen tak opustit — je třeba je pojmenovat, posvětit a dát jim strážce. Archanděl Michael, vážič duší a průvodce na onen svět, si toto místo vybral sám.