Klokoty se poprvé připomínají v 13. století jako majetek vítkovského rodu Vítkovců. Zde existovala tvrz, později i farní kostel datovaný v roce 1361, který byl Panně Marii zasvěcen v roce 1389. Mariánské poutě budují své kořeny v místní legendě: údajně se dětem pasoucím dobytek na stráních nad řekou Lužnicí zjevila Panna Marie a na místě zázraku byla postavena kaple u studánky Dobrá Voda. První kostel se zde připomíná od roku 1392. Během husitských válek jej zničili a na faře došlo k upálení několika desítek členů adamitské sekty. Nová kaple se zmínila v roce 1520, kterou roku 1547 rozšířili na kostel. V roce 1661 přibyly další dvě kaple. Rozhodující obrat přišel v roce 1679, kdy město Tábor prodalo Klokoty řádu benediktinů za 4 000 grošů českých.

Představený benediktinů Didaco di Convero zahájil v roce 1701 výstavbu nového poutního chrámu. Po jeho povolání do Vídně převzali správu benediktini z rakouského kláštera Melk, brzy jej však prodali zpět městu Tábor. Dostavba areálu se protáhla do roku 1730 pod vedením českých zednických mistrů, mezi nimi lze doložit mistra Jiřího Beránka a štukatéra Jana Kykinwaisa. Financování umožnily příspěvky jihočeské šlechty — především Schwarzenbergů, Lobkoviců, Bechyňů z Lažan a Hodějovských z Hodějova — a bohatých táborských měšťanů.

Chrám je postaven na půdorysu dvojramenného kříže; nádvoří obklopují ambit s nárožními kaplemi. Středobodem poutí je obraz Panny Marie Klokotské, který namaloval pražský malíř Johann Andreas Burger v roce 1636. Od roku 1743 je obraz umístěn na stříbrném oltáři pražského zlatníka Františka Seitze, který pracoval také pro katedrálu sv. Víta. Interiér prošel postupnými úpravami: kazatelna získala současnou podobu v roce 1867, malířská výzdoba stropu pochází od Václava Bartůňka z roku 1892, hlavní oltář byl obnoven v roce 1935.

V baroku dosáhly poutě vrcholu své oblíbenosti. Každoročně na svátek Nanebevzetí Panny Marie (15. srpna) se tu scházely tisíce věřících z Prahy, v suchu i z Moravy a Rakouska. Po druhé světové válce, v srpnu 1945, přicestovalo do Klokot přes 20 000 poutníků. Komunistické období tradici potlačovalo, přesto byly v roce 1980 zavěšeny zvony (dnes je jich celkem jedenáct). Po roce 1989 došlo k obnově poutních tradic. Farnost byla obnovena v roce 1995, od roku 1998 probíhá postupná rekonstrukce areálu — renovace varhan (2004–2005), opravy věží (2010–2012) a restaurátorské práce v hlavní lodi (dokončeny v roce 2017). Od roku 1963 je komplex chráněn jako kulturní památka, od roku 2018 nese titul národní kulturní památky.