Kostel byl zbudován jako chrám kláštera obutých augustiniánů, který v Vrchlabí vznikl iniciativou hraběte Maxmiliána Františka z Morzinu. Stavbu zahájena roku 1705 podle projektu moravského architekta a stavitele Matyáše Auera z Rakouska, který sloužil jako dvorní architekt rodu Morzinů. Přestože klášter začal vznikat hned na počátku století, samotný chrámový kostel byl zahájen až o sedm let později v roce 1712. Stavební práce trvaly déle, než se původně předpokládalo – dokončení a slavnostní vysvěcení se konaly až v roce 1725 za Václava z Morzinu, který se stal hlavním mecenášem stavby. Při ceremoniálu vysvěcení si kostel převzal královéhradecký biskup Mauricius Adolf Karel z Pharsalu dne 27. září 1733.

Architektonicky se jedná o trojlodní baziliku se zvonicí věží v západním čele. Celá stavba drží jednotný barokní styl, který si kostela i kláštera vytvořila harmonickou a stylově sjednocenou jednotu. Výjimku tvoří hlavní oltář, který již čerpá z prvků rokokového slohu. V letech 1725 se na nástropech objevily nástropní fresky od umělců Ignaza a Gottrieda Tauchmannových – v lodi zobrazují scény z legendy svatého Augustina, v presbyteriu je namalována Apoteóza církve. Hlavní oltář s obrazem pražského malíře Františka Dallingera byl instalován roku 1760. Sochy a dalšíí výzdoba vznikly díky práci laických bratří – Kilián Wagner, Isaiáš Housar a Makarius Drechsler. Celý interiér se odlišuje mimořádně harmonickou atmosférou a emocionálním dopadem své prostorové a architektonické koncepce.

Klášterní kostel postihly v průběhu své existence zásadní škody. Roku 1895 se v chrámě rozpoutal požár v průběhu klempířských oprav při generální rekonstrukci areálu. Ničivé plameny zasáhly zejména západní část střechy včetně zastřešení věže. Následující dekádu zůstal kostel obklopen lešením a opravy se táhly až do roku 1989, kdy byla rekonstrukce konečně dokončena. Během 20. století se do kostela dostaly i varhany – ty novější pocházejí z roku 1898, kdy bratři Riegerové z Krnova vztyčili na kůru své dílo Opus 666. Dalším nástrojem jsou dvoumanuálové varhany Amandy Hanische z původního roku 1872, které byly do presbyteria přemístěny a opraveny v roce 2008. Dnes jako varhaník pracuje Radek Hanuš.

Od roku 1991 je kostel majetkem města Vrchlabí. Pro své speciální postavení v areálu není přístupný běžné veřejnosti a bohoslužby se zde konají jen velmi výjimečně. Instead kostel slouží jako obřadní síň pro křty a manželství a jako koncertní prostor. Interiér si návštěvníci mohou prohlédnout především při kulturních akcích, včetně pěveckých a hudebních přestávek, jež pořádá festival klasické hudby Vrchlabské hudební léto. Rodová hrobka hraběcího rodu Morzinů, jejímž členem byl i hlavní stavební mecenáš Václav z Morzinu, taktéž v chrámě spočívá.