Kostel svatého Mikuláše s kaplí svaté Anny a hřbitovem ohraničeným kamennou zdí patří k nejcenějším architektonickým pamětihodnostem Kašperských Hor. Výrazně dominuje svému okolí — z cest vedoucích skrz krajinu jej vidět zdaleka. Není však umístěn v samotném městě, nýbrž zůstává oddělený v osamocené poloze, kterou si historici vysvětlují jako pozůstatek původní, rozprostřené středověké osídlení.

Stavba současného kostela vznikla někdy kolem roku 1315 a byla dokončena kolem roku 1330. Na počátku 14. století se zbudovaly základy lodě, presbytáře a věže se sakristií. Archeologické výzkumy z let 1928 a 2002 prokázaly, že kostel vznikl na místě starší, méně reprezentativní svatyně, která zde sloužila farnímu společenství a jako pohřebiště. Stavba se zrodila v souvislosti s intenzivní těžbou zlata v okolí — místní horníci potřebovali sakrální prostor pro modlitby a požehnání před sestupem do dolů. Historiografie 19. století vidí v kostele dokonce místo cechovních shromáždění havířské gildy.

Od svého vzniku měl kostel status farního, který si udržel až do 16. století. V předhusitské době měl patronátní právo král. Osídlení u kostela protínala dálková stezka — právě její existencí se v roce 1345 Juan Lucemburský rozhodl udělit Kašperským Horám městská privilegia.

Nejstarší psaný doklad pochází z roku 1345, kdy jistý Hermannus de sancto Nicolao věnoval k záduší kostela své pole. Ve 16. století byly v blízkosti kostela dosud v držení sušického majetku; v urbáriu z roku 1584 se zmíňuje sedm poplatníků, tedy pravděpodobně sedm usedlostí patřících městu Kašperské Hory, které si Sušice zanechávalo až do tohoto roku.

V 18. století kostel prošel úpravami v barokním slohu. V témž období vzniklo i barokní ohrazení celého komplexu; vstupní brána byla přestavěna kolem konce 19. století. Kaple svaté Anny, která součást opevněného areálu tvoří, byla podle historiků postavena pravděpodobně ve 30. letech 16. století a také ona se dočkala úprav v 17. a 18. století.

Důvod, proč byl kostel právě na tomto vzdáleném místě vystavěn, dosud přesně objasněn nebyl, i když se tímto problémem zabývali řada badatelů. Terénní průzkumy v bezprostředním okolí nepotvrdily obsáhlou důlní činnost; důkladný archeologický průzkum zde dosud proveden nebyl. Dnes je u kostela jen jediná budova.

Kostel náleží římskokatolické farnosti Kašperských Hor, která je součástí českobudějovické diecézy. Ze starého farního kostela se stal kostel filiální — což odráží posun osídlení z rozprostřené středověké krajiny do soustředěné podoby nynějšího města.