Budova na rohu Hybernské ulice začíná svůj příběh v polovině čtrnáctého století. Roku 1355 přivedl císař Karel IV. z Milána komunitu benediktinů ambroziánského ritu — na trvalou památku své korunovace lombardskou korunou, která se odehrála v lednu téhož roku u italských představitelů. Jejich posláním bylo kultivovat v Praze milánskou liturgii s charakteristickým ambroziánským zpěvem, v němž vynikl zejména druhý klášterní opat Radislav během let 1359 až 1370. Připravili tak pro Prahu autentickou součást středomořské řádové tradice.

Klášter však nevydržel dlouho. Když se naboženská reformace šířila pražským městem, král Václav IV. neshledal ambroziánskému řádu důvod k toleranci — listinou ze 25. února 1418 jejich klášter zrušil a řeholníci byli nuceně vypuzeni. V roce 1419 jej obsadili husité. Po pokojném vyrovnání husitských konfliktů v druhé polovině patnáctého století se zde usídlili františkáni observanti, avšak bouří roku 1483 byli i oni z Prahy vypuzeni. Pozemky postupně přešly do rukou měšťanů a brzy se zastavěly obytnými domky a kovárnou.

Oživení přišlo s barokem. Císař Ferdinand II. povolal irské františkány hyberny z Lovaně ve Španělském Nizozemí a patentem z roku 1629 jim umožnil vybudovat nový klášter s kostelem. Řád si postupně shromažďoval finance od svých podporovatelů — zvláště Walter Butler přispěl značnou částkou. Základní kámen kláštera položili roku 1637, stavební materiál se začal hromadit od 1641 a právě v roce 1653 císař osobně přítomný zasvětil základy nového kostela.

Vznikla tak velkorysá barokní stavba typu Il Gesu — halový kostel zaklenutý valenou klenbou s výsečemi a dvěma řadami propojených kaplí v bočních lodích. Autorem projektu byl předpokládaně Carlo Lurago. Františkáni věnovali barokní výstavbě roky 1652 až 1659, věž byla doplněna roku 1671. Interiér zdobily malby: sv. Antonína od Karla Škréty patří mezi nejstarší, zatímco iluzivní hlavní oltář vykonal Jan Ferdinand Schor roku 1731. Tímto vrcholem však jejich působení nekončilo — klášter se zde udržel až do roku 1786, kdy jej dekretem Josefa II. v důsledku církevních reforem zrušil.

Budova vstoupila do nové fáze. Po roce 1793, kdy ji v dražbě koupil Jan František hrabě Sweerts-Sporck, byla roku 1803 prodána bankovní společnosti. Následně byla odsvěcena a v letech 1808 až 1811 procházela zásadní přestavbou — tentokrát na celnici v klasicistním stylu. Stavbu vedly osobnosti Josef Zobel se svým synem Janem pod dohledem architekta Jiřího Fischera. Právě tato přestavba vytvořila její současnou tvář — strohé fasády s masivním portikem a dórskými sloupy, které jej dodnes charakterizují. Stavební práce se protáhly až do roku 1813 a zapojil se do nich i Jan Filip Joendl, Fischerův žák a asistent pražské techniky.

Dnes je kostel součástí divadelní budovy a slouží kulturnímu životu Prahy. Pro průchozího pešáka v proudu návštěvníků Náměstí Republiky však může být zajímavou připomínkou, jak se na jednom místě střídavě odehrávala historie více než tří staletí — od milánských modelů liturgie přes irské donátory až k józefinským reformátorům.