Kostel svatého Jana Nepomuckého, původně zasvěcený Panně Marii Bolestné, vznikl v barokním stylu ve 20. letech osmnáctého století. Svou výstavbu financoval hrabě Jan Antonio Nütze, a již v říjnu 1722 byl budovu vysvěcen kaplickým farářem a okresním vikářem Benediktem Janouškem. Byla to tedy brzy slavnostně otevřená stavba, která měla velmi brzy získat větší význam – v roce 1739 zde byla zřízena farnost a chrám se stal farním kostelem.

Historie objektu je úzce spjata s působením Vyšebrodského kláštera. Od roku 1778 se dostal pod jeho správu, kdy si jej klášter zakoupil coby součást statek Omlenice. Zajímavostí je, že spolu s kupní smlouvou přešlo na klášter i takzvané patronátní právo – tedy povinnost financovat opravy a právo nominovat faráře biskupovi. Formální zatím zůstala pod biskupským správou českobvudějovického biskupství. Tato situace trvala až do roku 1883, kdy byla farnost definitivně začleněna do klášterní správy. V průběhu 19. století se chrám dočkal oprav – v roce 1879 byla provedena generální oprava, o tři roky později pak obnova vnitřního zařízení.

Stavba přiléhá k jižnímu křídlu zámku Omlenička, což dodává místu historickou atmosféru propojení šlechtické rezidence a sakrálního prostoru. Architektonicky jde o jednoduchou jednolodní stavbu s pravoúhle zakončeným presbyterem. Charakteristickou součástí je hranolovitá věž na severní straně, jejiž komutativní bání dodává budově výrazný vzhled. Vnitřní prostor vévodí klenutý strop, který podporují mohutné pilíře. Stěny zdobí nástěnné malby s motivy Poslední večeře Páně, korunování Panny Marie a Svaté rodiny. Oltář je portálového typu, vyzdob ený sochasmi světců. Centrem pozornosti je oltářní obraz zobrazující svatého Jana Nepomuckého, dílo malíře F. O. Staubmana. Jedinečné je zařízení – obsahuje prvky převzaté z jiného chrámu. Zvon z roku 1590 o průměru 84 centimetrů, barokní křtitelnice se sousoším Křtu Páně, skleněný lustr a socha svatého Václava pocházejí z bývalého kostela sv. Jana a Pavla v Kapličkách, který byl zbořen až v roce 1959. Poslední hmotnou připomínkou času jsou varhany pořízené v roce 1898 od rakouského mistra Josefa Breinbauera.

Hřbitov kolem kostela sloužil věřícím jen do roku 1787, kdy byla zřízena nová pohřebiště nad vesnicí. V předním parteru zahrady se zachovaly některé náhrobky připomínající starou tradici. Budova prošla ve druhé polovině 20. století a v počátku 21. století těžkou zkouškou – zůstávala v havarijním stavu. Teprve v posledním desetiletí byly zahájeny rozsáhlé opravy, kterými se chrám vrací k žádoucímu stavu. Dnes je to vzácný příklad barokní venkovské sakrální architektury, jejíž hodnotu zvyšují autentické prvky z dlouhé minulosti.