Kostel se nachází v Hloubětíně, v ulici Hloubětínská na území městské části Praha 14. Jeho historie je neodmyslitelně spjata se založením samotné obce, kterou poprvé zmiňuje papežská listina Inocence III. z roku 1207. V tomto dokumentu jsou zaznamenány tři vesnice včetně Hloubětína (psaného jako Lupatin), které Přemysl Otakar I. darovává řádu Německých rytířů. Mezi léty 1207 a 1232 byl předpokládáně založen kostel zasvěcený svatému Jiřímu, patronu tohoto vojenského řádu. Stavba byla provedena v románském slohu.

Rok 1232 přinesl změnu vlastnictví. Královna Konstancie Uherská, vdova po Přemyslu Otakarovi I., koupila Hloubětín pro plánovaný klášter cisterciaček, později jej však darovala své dceři Anežce. Ta jej věnovala bratrstvu spravujícímu špitál. V roce 1237 získalo toto bratrstvo od papeže Řehoře IX. církevní статут; vznikl tak řád křižovníků s červenou hvězdou, který zde setrvává dodnes. Papežská listina Řehoře IX. z roku 1238 potvrzuje Hloubětín jako majetek tohoto řádu.

Prvním architektonickým zásahem byl rok 1355, kdy za vlády Karla IV. přibyla k románskému kostelu gotická věž; ta stála na severní straně presbytáře, kde se později ocitla sakristie. Třicetiletá válka složitě zasáhla chrámu – byl vyplenění vojsky císaře Ferdinanda II. a roztaveny byly jeho zvony. Na věži zůstal pouze zvon malý. Roku 1654 byly přidány dva další zvony, které nechali slít v režijním hradě rytíř Jan Miller ze Zlaté Koruny a jeho manželka Judita, jak prokázal nápis na zvonu.

Rokem 1695 přichází baroko. Velmistr řádu křižovníků Pospíchal nechal kostelu změnit průčelí a provést další úpravy. Stavitelský dozor svěřil Kryštofovi Dientzenhoferovi, který také dodal inventář. Další řemeslníci – tesař Jirka Skalník vytvořil mramorové dveřní veřeje a kamenické detaily – přispěli k eleganci přestavby. V téže době byla rozšířena hlavní loď o devět stop. Interiér z počátku 18. století (nejstarší inventář pochází z let 1700–1702) obsahoval sošky zobrazující Vzkříšení, Ecce homo a Matka Bolestná, obrazy Početí Panny Marie a svatého Jana Nepomuckého. Klenutý kamenný strop zdobil výjev z vítězné bitvy císaře Konstantina, čtyři olejové obrazy pak vyprávěly legendu křižovníků.

Účetní kniha, vedená od podzimu 1815, dokresluje 19. století. Roku 1817 zhotovil tesař Brejcha opravu střechy. O čtrnáct let později byly zesíleny pilíře. Zásadní změna přišla v roce 1847, kdy byla stržena původní věž a na její místo v průčelí postavena nová věž v novogotickém stylu; starou věž pak nahradila sakristie.

Kostel je od roku 1964 chráněn jako nemovitá památka. Dnes slouží jako farní chrám hloubětínské farnosti a zůstává pod správou řádu křižovníků s červenou hvězdou, jež zde působí již osm století.