Kostel svatého Mikuláše patří mezi klíčové monumenty jihomoravského Znojma. V dnešní podobě představuje pozdně gotickou trojlodní halu, která se stavěla postupně od roku 1338 až do první poloviny 16. století.

Počátky chrámu sahají do počátku 12. století, kdy byl postaven v románském slohu s věží a zprvu jako bazilika. Původní plány se však během stavby měnily. V roce 1335 vypukl velký požár, který značně poškodil stavbu. To spustilo kompletní přestavbu: v roce 1338 byla zahájena výstavba nového chrámu v gotickém stylu. Z původní stavby se zachovaly jen zbytky věžové dispozice. Архitekti rozhodli o řešení trojlodní halové stavby se dvěma bočními kaplemi u jižní i severní lodi. Severní kaple byly dokončeny v roce 1419, jižní později, avšak stále v 15. století. Kruchta vznikla ještě před dokončením severních kaplí. V první polovině 14. století byla dostavěna druhá věž, takže chrám měl věž dvě. Druhý požár v roce 1422 však starší románskou věž nenávratně zničil. Kněžiště se síťovou klenbou vznikalo v letech 1422–1437, klenby v loďích byly hotovy do roku 1442. Hlavní stavební práce skončily v první polovině 16. století. V 60. letech 17. století byl na západě přistavěn hudební kůr. Gotická věž byla později zbořena a nová věž v novogotickém slohu byla postavena v letech 1843–1847.

Dnešní chrám je trojlodní halová stavba s protáhlým presbytářem zaklenutým síťovou žebrovou klenbou, kterou inspiroval činnost Petra Parléře. Presbytář spočívá na válcovitých přípořích, trojlodí na štíhlých sloupcích bez hlavic. Věž byla dostavěna v roce 1845–1850.

Interiér chrámu rozmnožuje své bohatství. Na presbytářových zdích se dochovaly zbytky gotických fresek s pašijovými motivy a zmrtvýchvstáním sv. Achátiho. Pozdně gotické pastoforium se původními mřížemi z konce 15. století sousedí s gotickou sochou Bičovaného Krista z doby kolem roku 1425. Gotický reliéf Oplakávání a socha Madony zvané Chlebová vznikly v pozdní gotice po roce 1500. Osmiboká gotická kamenná křtitelnice z poloviny 13. století odvádí křty od roku 1660; zajímavostí je křest skupiny muslimů po bitvě u Vídně v roce 1683. Oltář z roku 1754 pochází z dílny J. I. Dasingera. Kazatelna ve tvaru zeměkoule je práce Josefa Winterhaldera. V jihozápadní části leží skleněný sarkofág se ostatky mučedníka svatého Bonifáce z raného křesťanství. Kostel vlastní zvony z let 1442 (dva kusy) a zvony mladší – z roku 1955 a 2003.