Markétská zahrada leží v nadmořské výšce 325 až 368 metrů na severozápadě Prahy, mezi ulicemi U Vojtěšky, U Větrníku, Na Větrníku a Markétskou ulicí. Zaujímá rozlohu 12,4 hektaru a vytváří důležitou součást klášterního komplexu benediktinského arciopatství, jehož základy sahají až do roku 993, kdy jej založili sv. Vojtěch a kníže Boleslavem II.

Současná podoba zahrad vychází z velkých barokních úprav, které probíhaly v letech 1708 až 1721 pod vedením P. I. Bayera a architektů Kryštofa a K. I. Dientzenhoferů. Tehdy zde byla provedena rozsáhlá terénní přestavba, která pozměnila podobu krajiny. V roce 1738 byla zahrada formálně rozdělena na sad, vinici a chmelnici na terasách, k níž přibyly užitková, bylinářská a zelinářská část. Stejného roku vyrůstaly zásadní stavby – ohradní zdi s branami, terasové zdi, pavilon Vojtěška s pramenem potoka Brusnice, zahradnický domek, oranžerie a kaple. Vstupní brána z Markétské ulice k nádvoří kláštera byla vystavena roku 1740 Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem, a sochařské prvky – sochy sv. Benedikta a andílků – pocházejí z ateliéru Karla Josefa Hiernleho.

Zahrady jsou rozděleny na několik funkčně různorodých částí. Veřejně přístupný ovocný sad se nachází na severní horní plošině a připomíná kořeny hospodářských účelů, jež měly původně zahrady. Lesopark se rozprostírá západně od kláštera až ke zdi hřbitova. Středová část zahrad využívá kaskádovitě uspořádané terasy – v horní části stojí budova oranžerie, v dolní části vede habrový špalír od pavilonu Vojtěška ke glorietu Josefka. Severně od kláštera se zachovaly původní barokní štoly, kterými se do kláštera přiváděla voda. Jihozápadní část bývalých klášterních zahrad, kde se rozkládají rybníky Pivovarský a Sádka, je dnes volně přístupným městským parkem.

Klášterní část zahrad, která přímo navazuje na klášterní budovy, zůstává střeženou klauzurní zahradou s omezeným přístupem. Otevírá se pouze ve dne – v zimě a v létě se uzavírá v 20 hodin a otevře se v 7 hodin ráno. Přístup je umožňován pouze dvěma brankami – jižní ze dvora kláštera a severní od ovocného sadu. Návštěvníci tak nahlíží do intimního prostoru, který staletí formoval život klášterní komunity a jeho zahradnickou činnost. Předtím, než se zahrada otevřela pro časově omezený veřejný vstup, byla přístupna jen během víkendů a pro účastníky bohoslužeb.

Ovocný sad si zachovává svůj původní ráz hospodářského využití a je ohrrazen zdmi, avšak bez omezení přístupný ze čtyř stran. Před revitalizací zde rostly ovocné stromy staré přes šedesát let. Celý areál dnes demonstruje, jak baroko přeměňovalo přírodní tvar krajiny v služby arciopatství – jde o dialog mezi přírodou a plánovanou formou, který se rozprostírá přes čtyři staletí a zůstává živým čtvrtěstoletím od získání statutu národní kulturní památky.