Základy tohoto kostela pocházejí z počátku 13. století, kdy měl podobu pozdně románské stavby. V roce 1222 se poprvé objevuje v písemných záznamech jako majetek královské kapituly na Vyšehradě – právě její vlastnictví určovalo jeho pozici v rámci církevní hierarchy středověké Prahy. Tuto funkci si dlouho zachovával; do roku 1360 zde působil jako duchovní správce pražský kanovník Mikuláš Holubec.

Od svého vzniku byl kostel obklopený hřbitovem. Tento pohřební areál se udržel dlouho – písemné záznamy jej zmiňují ještě v letech 1683 až 1885. Ačkoliv hřbitov dnes již neexistuje, na pozemku kostela se dochovala skupina starých náhrobků jako tiché svědectví historie. V roce 1856 kostel získal status farního chrámu. Stavební úpravy z roku 1887 pak daly kostelu novorománský vzhled, kterého si zachovává dodnes.

Nový hřbitov pro podolskou komunitu byl založen roku 1885 mezi ulicemi Doudova a Na Klaudiánce. Po druhé světové válce zde působil farář architekt Jan Rosůlek, zajímavá postava spojená se skupinou Devětsil. Svůj domov měl v nedalekém kubistickém trojdomě na Rašínově nábřeží. Jeho sestra Marie Rosůlková se stala známou herečkou.

Architektonicky jde o poměrně prostou jednolodní stavbu. Interiér dominují dva zásadní prvky. Na barokním oltáři visí obraz archanděla Michaela, jak se utýká s padlým andělem – motiv, který dokonale reflektuje patronátu chrámu. Nad vstupem pak vyniká mozaika od Bohumila Jaroše.

Hned vedle kostela stojí zvláštní stavba – barokní dřevěná zvonice ze 17. století. Její šindelová střecha je završena dřevěnou lucernou s pozlaceným křížem na vrcholu. Ve zvonici se ozývá zvon Matky Boží a Všech svatých z roku 1482, který vytvořil neznámý zvonař. V roce 1993 ho doplnily dva novější zvony – sv. Michaela a sv. Jana Nepomuckého, dílo dílny Tomášková-Dytrychová z Brodku u Přerova.

Kostel sv. Michaela archanděla je stále místem klidu a modlitby, kde se návštěvník ocitá mezi vrstvami středověké a novodobé historie. Barokní zvonice se svými zvony připomíná staletí, kdy kostel slouží podolské komunitě – od roku 1222 až dodnes.