Lze předpokládat, že brána existovala již v roce 1304, kdy město odolalo útoku Albrechta I. Habsburského. První písemná zmínka pochází z roku 1335. Věžová stavba s obdélníkovou základnou dosahovala šíře devíti metrů, délky třinácti metrů a výšky osmnácti a třetiny metru. Gotická část měřila devět a půl metru, pozdější přestavby ji prodloužily směrem na Mariánské náměstí. Na přelomu 15. a 16. století došlo k stavebním úpravám; údajný základní kámen s letopočtem 1487 se však nepodařilo ověřit.

V 16. století, pravděpodobně kolem roku 1558, kdy byl na věž zavěšen zvon, byly provedeny renesanční úpravy. Vjezd strážily vrata na obou koncích průjezdu, jištěná hřebenem. Gotický portál dosahoval tři a půl až čtyř metrů. Středně velká pravoúhlá okna sloužila jako střílny. Předbraní posílil mohutný podkovovitý barbakán dlouhý čtyřicet pět metrů s vlastní renesanční branou. V důsledku požáru roku 1641 patrně atika nahradila původní střechu. Praktické prvky přibyly v 17. století: roku 1605 hodiny na průčelí, roku 1607 doplněné o sluneční ciferník.

Brána se stala svědkem klíčových okamžiků městské historie. Roku 1461 vjel Pražskou branou za zvuku fanfár a prapory král Jiří z Poděbrad s manželkou Johankou z Rožmitálu. Dramatickou událostí byl třináctý leden 1611, kdy pronikli do města vojáci pasovského biskupa. Využili lstivého plánu – vozem se zbožím si nechali spustit padací most přes Mlýnskou stoku a skryté jednotky vtrhly do města. Zde byl zabit městský písař Šimon Plachý z Třebnice. Na jeho paměť byla umístěna první pamětní deska v Českých Budějovicích (originál v Jihočeském muzeu, replika od roku 1995 na Krajinské 212/43). Roku 1631 prochodily brána české korunovační klenoty; ty v kostele sv. Mikuláše přečkaly následný saský vpád a v roce 1633 byly vráceny do Prahy.

V roce 1867, poté co byla demolována Linecká a Vídeňská brána, padlo rozhodnutí zbořit i Pražskou bránu – poslední městskou bránu Budějovic. Radnice odůvodňovala demolici nutností provětrat a ozdravit Krajinskou třídu. Barbakán byl postupně likvidován, renezanční mostní část v roce 1880. Uvolněnému prostoru se začalo říkat „V Bráně". Roku 1995 vypracovala společnost BAHA studii na obnovu brány, ale bez investora projekt nebyl realizován.

Dnes se brány dochovala západní zeď, k níž byl přistavěn Taxbergerův dům. Protější dům „U Pražské brány" nese na fasádě štukový reliéf původní brány a budovy, která mu předcházela – Žáčkova či Rothova domu, který zanikl roku 1927. Tyto poslední stopy umožňují návštěvníkům si představit, jak mohutnými stavbami byly městské brány Českých Budějovic v minulosti.