Kostel svatého Jiljí se nachází v městské části Pardubičky a patří mezi nejstarší a nejvýznamnější sakrální památky regionu. Od roku 1964 je chráněn jako kulturní památka České republiky. Věnován je svatému Jiljímu, opatu a poustevníkovi, který patřil mezi významné světce středověké Evropy.

První zmínka o kostelu pochází z roku 1295 z Buly papeže Bonifáce VIII – tehdy se jednalo nejspíše jen o dřevěný objekt. Kolem něj byl založen hřbitov, který v podobě přetrvává dodnes. Koncem 13. století se tato oblast stala klíčovým místem pardubické církevní správy. Arnošt I. z Hostyně, pardubický pán, daroval řádu Cyriaků část Pardubic, kde byl vystavěn klášter pro deset řádových bratrů a nový kostel svatého Bartoloměje. Původní Jiljího kostel se tak stal kaplí. Arnošt si zajistil, aby zde mniši sloužili denně dvě mše za jeho duši a duši jeho předků. Oblast kolem kláštera byla známa jako Pardubice Mnichové a toto označení pravděpodobně vydrželo po dobu jeho existence. Arnošt byl zde pochován roku 1342.

Husitské bouře roku 1421 zde zanechaly hlubokou stopu. Klášter s oběma kostely byl vypálen a poškozen, když husité zahájili rozsáhlé ničení církevního majetku v celých Čechách. Obnova se protáhla dlouho – mezi roky 1421 a 1512. Současný kostel svatého Jiljí vznikl v gotickém stylu právě na přelomu patnáctého a šestnáctého století. Husitské zničení si lidé připomínali ještě generace – nad severním vchodem visela železná rukavice, později přenesená do sakristie, a kolem roku 1860 tam byla vidět i husitská přilbice.

V průběhu 16. a 17. století se kostel postupně měnil. V první třetině 16. století byly přistavěny střešní krovy a západní štít. Ve druhé polovině 17. století byla přistavěna západní a severní předsíň; severní předsíň byla později stržena, zatímco západní se upravovala několikrát. Větší změny přinesly roky 1904 až 1905, kdy probíhala generální restaurace pod vedením architekta Bóží Dvořáka. Byla upravena západní předsíň, zvýšena o patro a opatřena vysokým štítem se sedlovou střechou. Právě v roce 1904 se zde objevily původní gotické nástěnné malby.

Kostel svatého Jiljí je gotickou jednolodní stavbou s klenutým presbytářem o pěti stranách a čtvercovou sakristií. Hlavní průčelí vyvěnčuje výrazný renesanční štít s charakteristickým obloučkovým ukončením zvaným „vlaštovčí ocasy" – typickým prvkem české pozdní renesance. V jeho středu je vsazena reliéfní plastika Krista držícího kalich, kterou vytvořil v roce 1905 Vilém Amort. Pod štítem se nachází novogotický portál s ústupkovým profilem. Kostel stojí uprostřed hřbitova, který pravděpodobně kopíruje původní ohrazení osady. Západně od něj se zachovala dřevěná zvonice.

Kostel byl uzavřen roku 1948. Od roku 1964 byl opět prohlášen za památku a postupně se opravoval. Po pádu komunismu utrpěl několika vloupáními. Poslední vážné úpravy proběhly v letech 2007 až 2008 a zahrnovaly opravu elektroinstalace, odvětrávání a další odborné vnitřní práce. Tehdy také vznikly nové vitráže navržené mistrem Ludvíkem Kolkem z Brna a vyrobené brněnskou firmou Mitvalský.